בית שאן מוזכרת במקורות יהודים רבים. בתנ"ך,ומאוחר יותר במשנה ובתלמוד, במדרשים ובספרים מאוחרים נוספים, כמו "כפתור ופרח", ספרו של אישתורי הפרחי חוקר ארץ ישראל מן מאה ה-14 שבא לארץ ישראל ושהה כאן שבע שנים מתוכם ישב שנתיים בבית שאן לחוקרה.

1. בספר יהושע פרק יז', פסוק יא': "ויהי למנשה ביששכר ובאשר, בית שאן ובנותיה..." בפסוק הבא יב': "ולא יכלו בני מנשה להוריש את הערים האלה ויאל הכנעני לשבת בארץ הזאת". ויהי כי חזקו בני ישראל ויתנו את הכנעני למס והורש לא הורישו".

2. בספר שופטים פרק א' פסוק כז': " ולא הוריש מנשה את בית שאן ואת בנותיה ואת תענך ואת בנותיה..." ויאל הכנעני לשבת בארץ הזאת." ויהי כי חזק ישראל וישם את הכנעני למס והוריש לא הורישו."

3. בספר שמואל א' פרק לא' פסוק ח', יג'. " ויהי ממחרת היום ויבאו פלשתים לפשט את החללים וימצאו את שאול ואת שלושת בניו נופלים בהר הגלבוע." וכרתו את ראשו ויפשטו את כליו וישלחו בארץ פלשתים סביב לבשר בית עצביהם ואת העם." וישימו את עליו בית עשתרות ואת גווייתו תקעו בחומת בית שן." "וישמעו אליו יושבי יביש גלעד את אשר עשו פלשתים לשאול." ויקומו כל איש חיל וילכו כל הלילה ויקחו את גוויית שאול ואת גוויית בניו מחומת בית שן ויבאו יבשה וישרפו אתם שם." "ויקחו את עצמותיהם ויקברו תחת האשל ביבשה ויצומו שבעת ימים."

שמואל ב' פרק כא' פסוק יב' ": "וילך דוד ויקח את עצמות שאול ואת עצמות יהונתן בנו מאת בעלי יבש גלעד אשר גנבו אותם מרחב בית שן אשר תלום שם פלשתים ביום הכות פלשתים את שאול בגלבוע. ויעל משם את עצמות שאול ואת עצמות יהונתן בנו ויאספו את עצמות המוקעים ויקברו את עצמות שאול ויהונתן בנו בארץ בנימין בצלע בקבר קיש אביו ויעשו כל אשר ציווה המלך וייעתר אל-וקים לארץ אחרי כן."

מלכים א' פרק ד' פסוק ה "וכל בית שאן אצל צרתנה מתחת ליזרעאל מבית שאן עד אבל מחולה עד מעבר ליקמעם".